Program Studi Pendidikan ekonomi mulai berdiri pada tahun 1963 bersamaan dengan berdirinya Fakultas Keguruan (FKg) yang pada saat itu bernama Jurusan Ekonomi Umum ditetapkan dengan Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Nomor 1h1 Tahun 1963 Tanggal 4 Nopember 1963 Tentang Pendirian Universitas Negeri di Palangka Raya. Pada tahun 1983 FKg digabung dengan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) menjadi FKIP. Program Studi Ekonomi Umum kemudian berturut-turut diganti namanya menjadi Program Studi Bisnis setelah itu diganti menjadi Program Studi PDU (Pendidikan Dunia Usaha). Selanjutnya sekarang bernama Program Studi Pendidikan Ekonomi. Sejak diberlakukannya kurikulum nasional 1996 Program Studi Pendidikan Dunia Usaha berganti nama menjadi Program Studi Pendidikan Ekonomi dengan dua spesialisasi yaitu Pendidikan Koperasi dan Akuntansi. Tahun 2004 sesuai tuntutan kurikulum, dua spesialisasi tersebut dilebur menjadi satu kembali dengan nama Program Studi Pendidikan Ekonomi.

Pendirian Program Studi Pendidikan Ekonomi FKIP Universitas Palangka Raya ditetapkan oleh Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 230/DIKTI/Kep/1996 Tanggal 11 Juli 1996 Tentang Program Studi Pada Program Sarjana Di Lingkungan Universitas Palangka Raya. Secara operasional keberadaan Program Studi Pendidikan Ekonomi semakin diperkuat dengan Surat Keputusan Kementerian Pendidikan Nasional Nomor 4333/0/T/K-N/2010 Tanggal 6 November 2010 tentang Izin Operasional